С древних времен была известна и применялась для окраски стекла и керамики в фиолетовый цвет и устранения мутности желтых и зеленых стекол черная руда — пиролюзит. Она называлась также за свои свойства «черной магнезией» (в отличие от «белой магнезии» , МgО) и «стекольным мылом». В 1774 г. шведский химик И. Ган получил из присланного ему К. Шееле образца очищенного пиролюзита королек металла, прокаливая смесь порошка пиролюзита с маслом и углем. Чистый металл был получен в начале XIX в. Первоначально ему дали латинское «имя» «манганезиум» (от старинного названия древнего города Манганезия в Малой Азии). Затем, чтобы избежать путаницы с магнием (магнезиумом), открытым в 1808 г., название изменили на «манганум», которое в русской химической литературе видоизменилось в «марганец».

Марганец относится к числу весьма распространенных элементов, его массовая доля в земной коре 0,63%. В свободном состоянии марганец в природе не встречается. Его наиболее важными рудами являются пиролюзит (МnО2 • Н2О) и гаусманит (Мn3О4).

Основной потребитель марганца — черная металлургия, где для выплавки 1 т стали требуется 8—9 кг этого металла, который используют в качестве раскислителя (о чем подробно рассказано в школьном учебнике химии). Большое количество марганца применяется для приготовления твердых и прочных сплавов, главным образом с железом. Чистый марганец находит ограниченное применение (например, при изготовлении сплавов для производства точных сопротивлений). Поэтому основую массу металла получают в электрических печах из смеси марганцевых и железных руд в виде сплава — ферромарганца, содержащего не менее 70% Мn.

Марганец играет важную биологическую роль. Так, например, известно, что фотосинтез в зеленых листьях шпината невозможен в отсутствии соединений Mn (II). При участии марганецсодержащих веществ происходит в живых организмах синтез аскорбиновой кислоты (витамина С).